Immer wenn von einer Konfigurationsanweisung der Form name=wert für die Konfigurationsdatei php3.ini die Rede ist, dann kann für mod_php in Apache stattdessen auch die Apache-Konfigurationsdirektive php3_name wert verwendet werden. Man beachte, dass dem Namen der Anweisung php3_ vorangestellt wird und dass in einer Apache-Konfigurationsdatei keine Gleichheitszeichen verwendet werden dürfen.
Die Konfigurationsdirektiven können in der httpd.conf in einem <directory>-Block oder in einer .htaccess-Datei stehen. Sie gelten für das bezeichnete Verzeichnis und alle seine Unterverzeichnisse. Dies erlaubt es, die PHP-Konfiguration pro Verzeichnis anzupassen.
Mit Hilfe der PHP-Funktion get_cfg_var() lassen sich Konfigurationsvariablen aus der php3.ini zur Laufzeit abfragen.